Zapalenie gruczołu krokowego leczy się antybiotykami. Stosuje się też chinolony - chemoterapeutyki o szerokim spektrum przeciwbakteryjnym, które osiągają w prostacie szczególnie wysokie stężenia. Dla złagodzenia objawów towarzyszących procesowi zapalnemu, lekarze zalecają niesteroidowe leki przeciwzapalne, leki rozluźniające stolec lub przeczyszczające oraz ciepłe nasiadówki.
W leczeniu chronicznej infekcji stosuje się Chimaphila umbellata oraz skrzyp. Przy stanie zapalnym prostaty zaleca się żywotnik (Thuja occidentalis) oraz sasankę (Anemone pulsatilla).
